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需要买船票了。退了房间，小茂带着大家去往了野生神奇宝贝森林公园。只是，在路过港口时，就看到三个不良少年，拿着棍子欺负乘龙。伊布当即就眯起眼，只要小茂一个命令下去，他就送那三个人影子球。
小智看到那三个人那么欺负乘龙，当即就火了。急忙翻越栅栏跳了下去。小茂也跟着下去，那三个人被小智喊住，不屑的看了眼小智他们。说他们可不是一般的不良少年，而是打算去挑战南十字星的不良少年。结果遭受到了小霞的吐槽。
那三个人说，让小智陪他们三个进行挑战南十字星之前的训练。将自己的小精灵放了出来，三个人分别是大针蜂，艾比郎，还有烈雀。
小智派上场的自然就是皮卡丘，皮卡丘对于这种事也很生气，所以当即战意满满的站出来了。小茂，路卡利欧还有超梦都看出对面那三只小精灵，实际上被培育的并不好。皮卡丘一个强力的电击就能让他们全部倒地不起，失去战斗力。
超梦虽然气恼的厉害，却也知道如果自己出手的话，事情可能会大条，也就让小智他们去处理。然而就在战斗一触即发的时候，一个青年大喊着‘等一下’跑了过来。害的皮卡丘险些摔倒，然后就看着那个青年一只一只小精灵的看过，说出那三个不良少年小精灵各自的问题，在看到皮卡丘后眼睛一亮。毕竟皮卡丘被小智样的很好，而看到路卡利欧的时候，那个青年眼睛里已经是满满的狂热了。
超梦当即上前一步，挡住了青年的视线。小茂微皱眉，看着青年的写生本，询问道“你是观察员？”
“是啊，我是神奇宝贝观察员，你们是前来挑战南十字星的训练家吗？”青年极其自然的回答道。
“恩。那个你检查好了吗？”小智点了下头，问道。
“啊，还差一点，那个皮卡丘，我能检查一下你的电量吗？”青年翻包拿出测量的电极。结果就在青年哄着皮卡丘放点电击出来时，那三个不良少年终于感觉到，自己似乎被人看扁了。三只小精灵冲着青年后背就过来了，小智急忙对青年提醒道“危险”
青年还没反应过来，早就准备给那三个不良少年一个教训的皮卡丘，当即放出了十万伏特。一个没跑，三个不良少年外带他们三个培育非常不好的小精灵，还有一个不小心被顺带了的青年。
被皮卡丘的十万伏特电到浑身发麻之后，三个不良少年当即知道，自己踢到铁板了。带着各自的小精灵开溜了。路卡利欧告诉小茂，乘龙的状态很不好。那个突然闯过来的观察家青年，也判断出了这点，从背包里，拿出急救的药物后，就去找乔伊了。
小智哄着乘龙吃药，但是乘龙因为遭受了那三个不良少年的暴力行为，对人类产生了抵触情绪。虽然知道是他们把它救出来的，但却依旧不想去相信他们。
小智的手腕被乘龙撞的略疼，小茂看了眼超梦，超梦冷哼一声。小茂知道让超梦定住乘龙喂药的办法没戏了，不过比起这种暴力喂药，之后遭到反弹，还是让乘龙自己乖乖吃药的好。索性那个青年很快就带着乔伊和车子回来了。
乔伊安抚了乘龙，总算是让乘龙肯接受治疗了。来到了神奇宝贝中心，乔伊给乘龙做完治疗，告诉小智他们乘龙的情况。因为那三个不了少年的缘故，乘龙变得非常的胆小。再加上这只乘龙很可能是因为之前的暴风雨跟乘龙群走散了，还是一个孩子，如果不能帮它从这次的打击走出来，这对它之后的成长会有很大的影响。
小智在听到乘龙是个小孩子之后，一脸的惊讶，那么大只的乘龙是个小孩子，那么成体的乘龙是多大只？
小茂因为想要找大木博士要资料，所以就去打电话了。接通电话后，小茂跟大木幸成说起了自己关于gs球的一些假设，还有他需要精灵球的资料，越多越好。
大木幸成自然是支持的，告诉小茂他整理好了就将这个给他。然后询问他们什么时候回来，小茂看了眼小智，然后想了一下回答道“还需要一段时间，小智要参加橘子联盟的比赛。”
大木幸成告诉小茂不需要着急，反正gs球的研究并不是很急切，再者说，如果小茂研究出来了，很可能会因此得到上层的青睐。小茂发表的论文也不少了，之前独自发表的绿毛虫和独角虫进化上相似，以及基因在每个阶段的变化与进化成长的关键变化。这个课题再度引发了很多人的关注。因为小精灵的进化之谜，是一个至今没有揭露的迷，人们尝试了用种种办法去破解，然而，每一次都会有更深的谜题去等着你。正所谓学无止境，探索亦无止境。小茂的课题从大方面来讲，还是进化之谜。所以引发了很多人的关注，然后进而是验证小茂的结论。
如果gs球真如小茂说的那样，是一个力量强大的精灵球，而作为解出这个谜题的小茂，应该可以颁发中级研究员的身份权限了。
小智和那个观察家青年，小健互相做了自我介绍。就差了小茂了，小智跑过去问小茂，还没聊完呢？然后跟大木博士打了个招呼。因为小智他们都过来了，小健也就看到了，小茂一直跟着聊天的对象，是他憧憬的大木博士。因为小智再催，小茂就将让大木幸成快点把自己要的资料发给他，就挂了电话。
小茂刚挂电话，小健就一脸激动的问他们，怎么和鼎鼎有名的大木博士认识的。小智很吃惊的看着小健，大木博士很有名吗？他第一次意识到，大木博士的号召力。同时告诉小健，他们跟大木博士是一个镇子上的。小健当机立断的表示他要跟着他们一起回去见大木博士。小茂万万没想到，走了一个小刚，然后填了个小健！好在对方只是跟到他们见到自己爷爷后。不然，小茂承认，他想恢复二人世界，不带这群电灯泡！
就小智他还非常顺手的卖队友了，小茂他是大木博士的亲孙子，亲的，活的。
小茂当即就被小健拉去，谈人生谈理想，谈柳川，谈小精灵。神奇宝贝观察家是指以野外活动为中心，专门观察各种神奇宝贝，一边旅行一边调查的人。小健很想让大木博士看看他调查的这些神奇宝贝。在看到路卡利欧的时候，询问小茂那是什么小精灵，为什么从没看过的时候。
小茂便将他们是怎么把路卡利欧还是个蛋的时候，怎么救出来的跟小健说了。在得知小茂是个研究员时，更是极为吃惊，将小茂的论文找出来看完，更是险些就直接找小茂拜师了。小茂急忙推了，先不说小健是他爷爷的助手，其次，如果小健真拜他为师，他的二人世界岂不是彻底泡汤了？他可是准备好了，没上博士之名前，跟小智旅行到把人定下来为止！
在火箭队出现在神奇宝贝中心外，超梦看了眼乘龙，又看了看火箭队。难得没动手直接把火箭队丢到天空上当流星，路卡利欧本想告诉小茂的，却被超梦拦住了。在看到乘龙时，也妥协了。从某种意义上来讲，办不好的事情，有火箭队在那就是神助攻一般的存在。
过了一会儿，乔伊告诉他们，小乘龙醒过来了。小智当即就跑到乘龙所在的小池子。乘龙在水里，就是不肯靠岸上车。
小智听到小健说要消减乘龙对他们的警戒心，便打算给乘龙唱摇篮曲。小智的想法很简单，既然乘龙还是个小孩子，那么摇篮曲肯定可以让乘龙知道他们对它没有恶意。
小茂扶额，让小智唱摇篮曲，他真担心乘龙会跑的更远。就在小茂打算劝小智别一展歌喉的时候，胖丁不知道从哪里蹦出来，直接开始唱歌。
当小智他们醒来时，一个个的脸上遭受着胖丁怒火的涂鸦。就连超梦的尾巴，都遭了秧。超梦的念力都隐约失控。可见超梦气得不轻，然而超梦的气愤直接就导致了，乘龙离他们更远了。路卡利欧给了超梦一个怪罪的眼神，超梦一口气憋得上不上下不下，最后决定，下次如果感觉到了胖丁，它就把这该死的气球丢到世界的尽头去。
有了胖丁的打岔，小智也就不唱什么摇篮曲了，万一再把胖丁召回来，他们又要睡一觉了。既然摇篮曲不行，那么他不如就跟乘龙面对面的，让它看到自己的诚意。这般想着，小智当即脱衣服脱鞋，便跳下水去打算跟乘龙亲密接触，让他明白自己的善意。奈何小智下水，乘龙也下潜。下潜的结果就是，小智呛了两口水，也没能劝乘龙上岸，上小卡车，让他们护送它回到大海里去。
就在小智泡在水里发愁时，一个□□袭来。炸裂，浓浓的烟雾四散开来。火箭队三人快速的把乘龙拖到卡车上，绑好，站在乘龙的背上，说完了完整的出场台词，本来打算开车溜走的，结果小健却突然冲了过去，看着喵喵，眼睛里全是兴奋。会说话的喵喵啊，这是多么珍贵的一只小精灵。当即就要采访喵喵。喵喵第一次遭遇这种待遇，瞬间就有点飘。武藏气急踩了喵喵一脚，然后宣布这只乘龙是他们的了，就开车溜了！小智当即就要追出去，却被小健拦了下来，叫出了毛团，让毛球使用雷达眼，追卡车。
毛球既然知道在哪了，小茂当即叫出了暴鲤龙，让大家都爬上暴鲤龙的身上，暴鲤龙对于身上多了这么多的人略有点不适应。但也只是一点点，飞行速度很快，也很稳。超梦很干脆，尾巴一卷就把路卡利欧卷起来，由它带着贴着暴鲤龙的表面飞。远远看去，像是他们坐在暴鲤龙身上一样。
很快暴鲤龙就追上了火箭队的卡车和乘龙，小智见距离差不多了。当即就从暴鲤龙头上往乘龙身上跳，安慰乘龙，他一定会救它的，然后往前爬，爬进驾驶室，跟火箭队三人掐了起来。却在急转弯的时候，小智被甩了出去，武藏伸手去抓，没抓住小智，好在乘龙和超梦一个伸腿，一个用念力没让小智出事，也让小茂松了口气。
超梦念力将小卡车定住。不过车头的火箭队还是被挤了下去，超梦没法子只能把他们丢到一个不深不浅的海滩上。小智和小茂快速的把乘龙身上的绳子解开。
乘龙蹭了蹭小智的脸，显然因为这件事，乘龙开始接纳小智了。小茂见小智没事，也就不去管小智了。路卡利欧拍了拍超梦的尾巴，超梦没动。路卡利欧淡淡的扫了超梦一眼，超梦这才不紧不慢的将尾巴收回来。
之后由暴鲤龙拉着乘龙的车子，一直到了海边。小智决定在参加联盟比赛的同时还要帮小乘龙回到它的族群。路卡利欧很自觉的帮小智说话。乘龙渐渐的也就跟小智他们没那么生分了，乘龙负责驮着四个人，暴鲤龙则是负责驮着小精灵因为是海，小茂就让大家把水系小精灵都放出来，出来玩玩。毕竟水系小精灵都亲水，平时没这个条件，现在既然有了。当然让它们好好的游上一番。
水系小精灵难得游得这么畅快，小茂就直接告诉他们，目标夏干岛，方向正前，比赛开始。迷你龙当即就冲了出去，其次的是小霞的海星星和宝石海星。众多水系小精灵进行海上游泳比赛，究竟谁能得到第一呢？只有到了才知道…